La première mention d'une chapelle à Thoissey se trouve dans le testament de Guichard VII en 1331.
Elle se situait dans l'actuelle rue de l'Hôtel-de-Ville et le premier curé de Thoissey, Philibert Girié, l'agrandit considérablement et pourvut à sa décoration entre 1697 et 1713.
L'église étant sous le vocable de Marie-Madeleine, sept grands tableaux consacrés à la vie de cette sainte furent commandés au peintre lyonnais Daniel Sarrabat (1666-1748). Cet édifice fut détruit et ses matériaux vendus après la consécration d'une nouvelle église en 1872.
L'église actuelle est construite en belle maçonnerie de pierre apparente.
La façade tournée vers l'est est surmontée d'un clocher à flèche octogone. L'architecte, Berthier, a conçu un déambulatoire autour du chœur pour l'exposition des tableaux de Sarrabat.
