Fondé en 1680 par Anne Marie Louise d'Orléans, princesse de Dombes (la Grande Mademoiselle), à l'initiative d'un prêtre thoisseyen, Philibert Girié, le collège royal fut administré jusqu'en 1769 par un corps de professeurs agrégés auxquels succédèrent les Bénédictins de St-Maur puis les Joséphistes de Lyon. Fermé à la Révolution, le collège échappa à la vente et rouvrit au début du XIXe siècle, d'abord sous une forme laïque, puis sous administration religieuse après l'inondation de 1840. A son apogée, entre 1865 et 1875, le collège approchait 200 élèves dont 180 internes. De 1922 à 1949, ses bâtiments abritèrent la jeune congrégation des missionnaires du Sacré-Coeur d'Issoudun. A la fin des années 60, la commune décida la destruction complète de ce vaste édifice dont la façade fermait la place du Collège royal et dont les deux ailes entouraient une cour occupée actuellement par la place du duc du Maine.
Ont été cependant conservés la porte d'entrée, la statue de la Vierge qui surmontait le clocher, la cloche, le cadran de l'horloge et un buste du duc du Maine, daté de 1707, par le sculpteur lyonnais Marc Chabry.