C'est au confluent de la Saône et de la Chalaronne que Thoissey s'est développé. Son territoire, très exigu et aux deux tiers inondable, s'étire en pente douce entre 170 et 176 mètres d'altitude. En dehors du port, l'habitat s'est depuis longtemps regroupé autour du centre.
Cédé en 943 par l'empereur Conrad aux abbés de Cluny, Thoissey devient en 1239 une possession des sires de Beaujeu. Défendue par des remparts et un château fort, la ville est dotée d'une charte de franchises par Guichard VI le Grand. Elle devient le centre d'une châtellenie et subit plusieurs sièges lors des conflits entre les Beaujeu et la maison de Savoie.
La Dombes étant tombée entre les mains de la maison de Bourbon en 1400, Thoissey traverse de nouveaux conflits avec la Savoie, une confiscation française, les guerres de religion puis au XVIIe et XVIIIe siècles, une certaine prospérité : maisons bourgeoises, couvent des ursulines, collège royal, église sainte Marie-Madeleine, hôtel-Dieu... viennent modifier l'aspect de la cité qui est alors considérée comme la deuxième ville de Dombes.
Après le rattachement de la Dombes à la France (1762) et la période révolutionnaire, Thoissey connaît la grande inondation de 1840 (125 habitations effondrées) et de nouvelles tranformations : plantation de l'allée des platanes, destruction des halles, édification d'un hôtel de ville, d'une nouvelle église et d'une école. A l'orée du XXe siècle, les Thoisseyens accueillent triomphalement le héros de Fachoda, Jean-Baptiste Marchand, leur concitoyen.
Aujourd'hui, Thoissey garde un attrait touristique certain et voit sa population augmenter peu à peu.
